Azerbaiyán fue una de las primeras repúblicas de la antigua Unión Soviética que se enfrentó al problema de los refugiados (azerbaiyanos desplazados de Armenia) y los desplazados internos (azerbaiyanos de Nagorno Karabaj y de las siete regiones ocupadas de Azerbaiyán que rodean Nagorno Karabaj). El desplazamiento de personas de etnia azerbaiyana de sus lugares históricos de residencia fue consecuencia directa del conflicto de Nagorno Karabaj entre Azerbaiyán y Armenia desde 1988 hasta la firma del acuerdo de alto el fuego en 1994. El deterioro de la situación que desencadenó la tensión entre estos dos países vecinos del Cáucaso Sur obligó aproximadamente a un millón de azerbaiyanos a abandonar sus hogares.

Durante el conflicto, los desplazamientos se produjeron en dos etapas. El primer flujo de refugiados se produjo entre 1988 y principios de 1991, cuando aumentó la tensión étnica debido al intento de Armenia de separar Nagorno-Karabaj de la RSS de Azerbaiyán e integrarla en la RSS armenia.532 La expansión fue acompañada de atrocidades perpetradas contra el pueblo azerbaiyano. Durante tres días, del 27 al 29 de noviembre de 1988, los armenios de las ciudades de Gugark, Spitak y Stepanavan asesinaron a 33 azerbaiyanos. Según la oficina del Fiscal del Estado de Azerbaiyán, durante los años 1988-1989 murieron 216 azerbaiyanos, 49 murieron congelados, 41 murieron a consecuencia de salvajes palizas, 35 fueron asesinados tras brutales torturas, 115 fueron quemados vivos, 16 fueron fusilados, 10 murieron de ataques al corazón porque no pudieron soportar la humillación, 2 fueron asesinados por médicos armenios en el hospital, 3 fueron ahogados, 1 fue ahorcado, 1 se suicidó para evitar sufrir una muerte agonizante a manos de los armenios, 1 fue electrocutado, 2 fueron decapitados, 29 fueron atropellados deliberadamente, 3 murieron en el hospital por falta de atención médica, y 8 estaban desaparecidos.533 En consecuencia, durante la primera oleada de enfrentamientos étnicos, todos los étnicos azerbaiyanos en Armenia, que sumaban aproximadamente 250.000 personas, se vieron obligados a abandonar sus hogares y huir a Azerbaiyán, donde se asentaron en diferentes partes del país.534

La segunda oleada de desplazamientos comenzó a finales de 1991, cuando el conflicto entre Azerbaiyán y Armenia por Nagorno-Karabaj degeneró en guerra. En 1992, los armenios se apoderaron de toda la región de Nagorno-Karabaj y capturaron Lachin, la provincia azerbaiyana que unía Nagorno-Karabaj con Armenia. En los dos años siguientes, otras regiones de Azerbaiyán, Kalbajar, Gubatli, Aghdam, Fuzuli, Jabrayil y Zangilan, fueron ocupadas por las fuerzas armenias. Como consecuencia, se produjo un desplazamiento masivo de la población de estas regiones.535 Se calcula que aproximadamente 22.000/25.000 personas murieron durante el conflicto, y más de 4.500 siguen desaparecidas. Según el Comité Estatal para los Refugiados y los Desplazados Internos de la República de Azerbaiyán para 2010, el número de desplazados internos ascendía a 586.013 personas, en su mayoría de etnia azerbaiyana, incluidos kurdos, rusos y turcos que vivían en la región.536 Sobre esta misma cuestión, el Comité de EE.UU. para los Refugiados (USCR) también escribe que, como resultado de la agresión armenia, desde 1993, más de 568.000 personas, 42.072 de Nagorno-Karabaj y el resto de las otras regiones ocupadas de Azerbaiyán, a saber, Fuzuli (133.725), Aghdam (128.584), Lachin (63.007), Kalbajar (59.274), Jabrayil (58.834), Gubadli (31.276), Zangilan (34.797), Tartar (5.171) y Aghjabadi (3.358), han sido desplazadas.537

Según las estadísticas del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo correspondientes al año 2000, los desplazados internos vivían principalmente en tiendas de campaña, campamentos y locales públicos en condiciones extremas. Las cifras muestran que alrededor del 18,7% de ellos vivían en campamentos, el 19,1% en vagones de ferrocarril, el 23,3% en escuelas, el 16,6% en albergues y el 1,4% en sanatorios o campamentos infantiles. Aproximadamente el 20,9% de los desplazados internos se instalaron en viviendas alquiladas o en casas de amigos o familiares, y sólo el 2,9% consiguió establecer su propio hogar. Algunos fueron reasentados en regiones rurales de Azerbaiyán colindantes con la zona de las hostilidades. Casi 18.000 personas fueron reasentadas en Aghjabady, 19.000 en Sabirabad, 20.000 en Imishli, 21.000 en Bilasuvar y 51.000 en Barda.538

El gobierno azerbaiyano ha hecho progresos significativos en el alojamiento de los desplazados internos y aumentar sus prestaciones más adelante. En el marco del programa nacional puesto en marcha en 2004, se han gastado 4.400 millones de dólares estadounidenses en refugiados y desplazados internos, y unos 140.000 han sido instalados en casas nuevas.539 A principios de 2005, el gobierno azerbaiyano planeó instalar en casas nuevas a los desplazados internos que vivían en campos de tiendas de campaña. Como resultado, en 2007 desaparecieron todos los campos de tiendas de campaña de desplazados internos. Entre 2008 y 2011, 108.000 desplazados internos fueron instalados en casas unifamiliares o apartamentos nuevos. El Gobierno de Azerbaiyán también ha prometido reasentar en casas nuevas a otros 115.000 desplazados internos para 2015 que vivían en casas o pisos de otras personas.540 Después de liberar los territorios del país como resultado de la Segunda Guerra de Karabaj, el gobierno de Azerbaiyán ha iniciado el reasentamiento de sus ciudadanos dentro del programa estatal «Gran Retorno», cuyo objetivo es reasentar a los desplazados internos en sus territorios desplazados paso a paso.