Cuando Nadir Khan Efshar se proclamó Shah el 26 de febrero de 1736,  expulsó a las tribus Javanshir, Otuzikili y Kabrili de Karabaj que estaban contra su reinado a Jorasán y mantuvo como rehenes a los líderes de estas tribus. 87 Según Mirza Adigozel bey, Nadir Shah también envió a Fazlali Bey, el primer hijo de  Karabaj Khan Ibrahimkhalil Agha, al exilio en Jorasán. Sin embargo, Fazlali Bey expresó su enfado por el traslado forzoso de la población de Karabaj y se opuso al exilio de Nadir Shah.  Como resultado, Nadir Shah ordenó que Fazlali Bey fuera ejecutado y nombró a su hermano, Panah Ali Bey, en su lugar 88 . Panah Ali Bey se ganó el respeto de Nadir Shah por su servicio en el palacio del sha, temía que Nadir Shah pudiera ejecutarlo, como había hecho con su hermano, debido a las calumnias y acusaciones de los cortesanos. Por ello, cuando Nadir Shah estaba de viaje, consiguió huir del palacio y viajar a Karabaj aprovechando la visita de su familia a Jorasán como pretexto.89 El Sha fue informado de su huida y envió mensajeros tras él para impedir que huyera. También dio instrucciones a los líderes de Ganyá, Tbilisi y Shirvan para que capturaran a Panah khan allí donde lo vieran y lo enviaran al palacio del sha. Sin embargo, todos los esfuerzos de Nadir Shah fueron infructuosos. Panah Ali Bey consiguió librarse de la persecución de Nadir Shah escondiéndose en las montañas de Karabaj y cerca de la fortaleza de Shaki 90.

El derrocamiento de Nadir Shah el 20 de junio de 1747 por sus propios cortesanos y el comienzo de la lucha dentro del país por hacerse con el reinado pusieron fin al país creado por Nadir Shah.91 La lucha por el poder y la agitación interna en Irán causadas por la muerte de Nadir Shah se convirtieron en un punto de inflexión para Azerbaiyán. Aunque existía la posibilidad de crear un estado centralizado en Azerbaiyán, la existencia de la fragmentación feudal, la debilidad de las relaciones económicas y la preponderancia de la economía natural dificultaron la unificación en términos de estado unificado y centralizado. Como resultado, Azerbaiyán se desintegró en kanatos y sultanatos (pequeños reinos o ciudades-estado) independientes y semiindependientes. Además del colapso del imperio de Nadir Shah, la lucha por el poder entre la Rusia zarista y el Imperio Otomano a mediados del siglo XVIII, que impidió que estas poderosas fuerzas intervinieran en los asuntos internos de Azerbaiyán, allanó el camino para la creación de estos kanatos y sultanatos independientes y semiindependientes. Durante ese periodo se crearon en el territorio de Azerbaiyán 20 kanatos, incluido el de Karabaj, y seis sultanatos.

Tras la muerte de Nadir Shah, Panah Ali Bey regresó a Karabaj e inició un proyecto político, que desembocó en la creación del mencionado Kanato de Karabaj. Panah Ali Bey se autoproclamó Khan de este Kanato. Cuando se formó el Kanato, el principal objetivo de Panah Ali Khan era fortalecerlo. Así pues, su primera medida fue reintegrar a las tribus que Nadir Shah había exiliado a Jorasán. El regreso de las tribus y familias desplazadas y su reasentamiento en su tierra natal fortalecieron el kanato de Karabaj.92 Tras ganarse el apoyo de las tribus azerbaiyanas locales de la región, Panah Ali Khan comenzó a actuar como único líder de Karabaj. Consiguió unificar no sólo a su propia tribu Javanshir, sino también a todas las demás tribus que vivían en la región de Karabaj del antiguo Beylerbeylik Ganyá-Karabaj del Imperio Safávida.93 En cuanto a la fecha de fundación del kanato, Mirza Adigozel bey, Ahmad bey Javanshir y Mir Mehdi Khazani, todos ellos conocidos historiadores del kanato de Karabaj, señalan que fue creado en 1747.94 Además, en lo que respecta a la ascendencia y el origen étnico de Panah Ali Khan, todas las fuentes pertinentes afirman que pertenecía a la rama Sarijali de la tribu Javanshir que procedía del Turkestán y se asentó en la región de Karabaj de Azerbaiyán 95. Durante el reinado de Panah Ali Khan se construyeron las fortalezas de Bayat 96 y Shahbulag 97 y se fundó Shusha (también conocida como Panahabad) (1751-1756). En 1759, Fatali Khan Afshar, el Khan del Kanato de Urmia, envió a sus enviados a Panah Ali Khan con la orden de subordinarlo. Sin embargo, Panah Ali Khan rechazó su orden. Cuando Fatali Khan recibió la respuesta negativa, se trasladó al kanato de Karabaj con grandes tropas y cercó Shusha. Después de un asedio de seis meses, Panah Ali Khan aceptó la orden de Fatali Khan y entregó a su hijo, Ibrahimkhalil Agha.98 Pronto, Kerim Khan Zend comenzó a luchar contra Fatali Khan Afshar y trató de obtener ayuda de los rivales de los Fatali Khan, incluido Panah Ali Khan. Al ver esta invitación de Kerim Khan como una oportunidad para vengarse de Fatali Khan Afshar y liberar a su hijo Ibrahimkhalil Agha, Panah Ali Khan nombró a su hijo pequeño Mehrali Bey para su puesto temporalmente y fue a Urmia para ayudar a Kerim Khan Zend. En 1763, tras nueve meses de largo asedio, Fatali Khan fue derrotado. Ibrahimkhalik Agha fue liberado de la prisión y regresó a Karabaj. Sin embargo, Kerim Khan no permitió que Panah Ali Khan regresara a Karabaj. Se llevó a todos los kanes de Azerbaiyán, incluido Panah Ali Khan, a Shiraz y Panah Ali Khan permaneció allí hasta el final de su vida (1763). Su cadáver fue llevado de vuelta a Karabaj y enterrado en Aghdam.99

Tras la muerte de Panah Ali Khan en 1763, su hijo Ibrahimkhalil Agha se convirtió en el khan del kanato de Karabaj (1763-1806). Durante el reinado de Ibrahimkhalil Agha, el kanato se fortaleció aún más. Aunque durante el reinado de Ibrahimkhalil Khan el kanato de Karabaj fue objeto de ataques militares por parte del khan de Fatali, el khan del kanato de Guba en tres ocasiones, y Agha Muhammed Shah Gajar en dos ocasiones, logró preservar y defender la independencia del kanato de Karabaj. Ibrahimkhalil Khan estableció fuertes lazos con el Imperio Otomano.100 En 1805, Ibrahimkhalil Khan firmó el Tratado de Kurakchay, que incorporaba oficialmente el kanato de Karabaj al Imperio zarista ruso.101 Aunque en un principio Ibrahimkhalil Khan aceptó estos cambios para formar parte del Imperio zarista, más tarde sintió un rápido arrepentimiento. Durante las turbulencias políticas de 1806, los rusos asesinaron a Ibrahimkhalil Khan junto con 17 miembros de su familia y asociados en el verano de ese año en Khankendi, y su hijo Mehdigulu se convirtió en khan del kanato de Karabaj. Al darse cuenta de la ilegitimidad de las acciones de los oficiales rusos, las autoridades oficiales de la Rusia zarista otorgaron a Mehdigulu Khan el rango de general de división para apaciguar a la población y le presentaron “credenciales reales” para el kanato de Karabaj. Sin embargo, más tarde, Mehdigulu Khan escapó a Irán y el kanato de Karabaj fue abolido oficialmente por decreto del zar ruso en 1822.102