El kanato de Karabaj estaba gobernado por un kan que poseía un poder ilimitado y amplias responsabilidades en asuntos tanto seculares como religiosos. Durante sus 75 años de historia, el kanato de Karabaj fue gobernado por tres kanes, Panah Ali Khan (1747-1763), Ibrahimkhalil Khan (1763-1806) y Mehdigulu Khan (1806-1822). Tras la muerte de Panah Ali Khan, durante un breve periodo hubo una diarquía debido a una lucha por el poder entre Ibrahimkhalil Agha y su hermano, Mehrali Bey. Esta lucha terminó en 1763 con la expulsión de Mehrali bey de Karabaj. Como resultado, Ibrahimkhalil Agha se convirtió en el único kan del kanato de Karabaj en 1763.103
La ayuda más importante prestada por el Khan para gobernar el Kanato era el Diván del Kanato, un órgano consultivo que funcionaba bajo la autoridad del Kan. Además del gobierno, el consejo del Divan también se ocupaba de los asuntos fiscales. Había libros de revisión en el Divan que el número detallado de la población y los nombres de los jóvenes aptos para el servicio militar. 104 El tribunal también desempeñaba un papel esencial en el sistema administrativo del kanato, ya que era responsable de los juicios y funcionaba independiente del Diván. El tribunal se regía por la sharia. Las reuniones y debates en el Diván y el tribunal del Kanato se celebraban con la participación y supervisión del Khan y Gazi.105
El segúndo cargo más importante después del khan era el de visir, responsable de los asuntos internos y externos del kanato de Karabaj. Los visires más conocidos de los kanatos de Karabaj eran Molla Panah Vagif y Mirza Jamal Javanshir. Estos visires no sólo eran estadistas, sino también famosos poetas e intelectuales de su época. Además de visires, había Sarkalali, eshikagasi y khazinedar, que se ocupaban de las cuestiones financieras, los asuntos personales del khan y los asuntos de tesorería, respectivamente. También había un cargo que se ocupaba de los almacenes.106
En el siglo XVIII, el territorio del kanato de Karabaj, que incluía Karabaj actual, limitaba con el puente Judaferin sobre el río Aras y los pueblos de Dzhavad, Zardab y Alvand en el sur, el río Kura en el este, el río Goran que se extendía entre los kanatos de Ganyá y Karabaj en el norte, y las montañas de Karabaj y el kanato de Najicheván en el oeste.107 El kanato de Karabaj tenía una superficie aproximada de 18000 km2. 108 y era 182 km. de norte a sur y 273 km. de este a oeste.109
El kanato de Karabaj constaba de 21 mahals (unidades administrativas), entre ellos Chalbayir, Zangazur, Mehri, Sisyan, Damirchi-Aslanli, Gupara, Bargushat, Bahabyurd, Talish (Gulustan), Javanshir, Khachin, Chilabord, Khirdapara, Dizag, Otuzikili, Iyirmidort, Garachorlu, Varand y Acan-turk. La población de cinco de estos mahals, o melikdoms, que fueron llamados «Khamsa» por los habitantes de Karabaj, era predominantemente cristiana. Los gobernantes de los mahals, cuya población era predominantemente musulmana, se llamaban mahal beys o naibs.110
Cada mahal estaba, a su vez, dividido en aldeas. En el “Libro detallado de Ganyá-Karabaj”, elaborado por el Imperio Otomano en 1727, se registraron los nombres de 796 aldeas en total en los territorios que más tarde formaron parte del kanato de Karabaj. Este número se registró posteriormente como 629 aldeas y oymags en censo realizado por Rusia un siglo más tarde, en 1823.111 El gobernante de una aldea en el kanato de Karabaj se llamaba kendkhuda o kokha, como en otros kanatos de Azerbaiyán.
Los centros iniciales del kanato de Karabaj fueron la primera fortaleza de Bayat (1748)112 y más tarde la fortaleza de Shahbulag (1749)113 que fue construida en un lugar llamado Tarnakut. Sin embargo, a partir de 1751 el centro del kanato fue la fortaleza de Shusha (Panahabad). Debido a su importancia estratégica, la ciudad de Shusha era uno de los más importantes centros de Azerbaiyán en el último cuarto del siglo XVIII. La Ruta de la Seda, que pasaba por Azerbaiyán, también desempeñó un papel importante en el desarrollo de Shusha como centro comercial. Este crecimiento económico también aumentó el número de habitantes de la ciudad, que constaba de 17 mahallas (barrios/distritos) a finales del siglo XVIII y principios del XIX 114. El responsable de las fortalezas del Kanato de Karabaj, incluida Shusha, se llamaba Galabeyi.
