El conflicto de Nagorno-Karabaj ha sido uno de los asuntos más críticos en la agenda de Ilham Aliyev desde 2003, cuando fue elegido presidente de la República de Azerbaiyán. En la ceremonia de investidura de ese año, subrayó que la posición de Azerbaiyán durante su presidencia se basaría en la resolución del conflicto en torno a los principios de integridad territorial de Azerbaiyán desarrollados por su padre, Heydar Aliyev. Como Presidente de Azerbaiyán acogió con satisfacción todas las iniciativas constructivas de terceras partes, las negociaciones conjuntas organizadas en el marco del Grupo de Minsk de la OSCE y otros intentos unilaterales de actores externos. Apoyó plenamente pacífica solución del conflicto. Por ello, durante su primer mandato presidencial, Ilham Aliyev se reunió en varias ocasiones con el Presidente de Armenia, los presidentes del Grupo de Minsk de la OSCE y líderes extranjeros.
Antes de la Segunda Guerra de Karabaj, la posición de Ilham Aliyev era que la solución del conflicto debía basarse en un proceso gradual. Por ello, declaró en varias ocasiones que las tropas armenias debían retirarse de los territorios ocupados de Azerbaiyán, que los desplazados volvieran a sus hogares y que deberían establecerse comunicaciones y relaciones económicas para fomentar la confianza entre las comunidades.661 Una vez concluidos estos pasos, la etapa final relativa al estatus de Nagorno-Karabaj en el proceso de solución sería debatir con todas las comunidades de Nagorno-Karabaj.662
Cabe señalar que el punto de vista de Ilham Aliyev sobre el estatus de Nagorno-Karabaj antes de la Segunda Guerra de Karabaj se basaba en un alto grado de autonomía, que era
posible en la práctica siempre que no desafiara la integridad territorial de Azerbaiyán. En este contexto, afirmó que Azerbaiyán nunca permitiría el establecimiento de un segundo Estado armenio en el territorio de Azerbaiyán, y la solución de la cuestión de Nagorno-Karabaj sólo sería posible dentro de las fronteras territoriales de Azerbaiyán 663.
Sin embargo, nunca descartó el uso de la fuerza para restaurar la integridad territorial de Azerbaiyán si el conflicto se prolongaba durante un periodo de tiempo desconocido.664 Así, ha dedicado mucho tiempo y esfuerzos significativos a reforzar la capacidad militar del país. De ahí que el presupuesto militar de Azerbaiyán haya aumentado sustancialmente en comparación con años anteriores, lo que ha permitido modernizar el arsenal y la capacidad de combate del ejército.665 En su discurso en el desfile militar oficial con motivo del 95 aniversario de las Fuerzas Armadas, subrayó especialmente que “Azerbaiyán se encuentra en estado de guerra. La guerra aún no ha terminado, sólo su primera fase… Nuestra posición se apoya en un ejército fuerte. Con este fin, en los últimos años hemos prestado gran atención a la construcción del ejército”.666
En este sentido, el presidente Ilham Aliyev advirtió en varias ocasiones a la parte armenia y a la comunidad internacional sobre las declaraciones y acciones políticas provocadoras de los nuevos dirigentes armenios desde 2018, que aumentaron la tensión y empujaron a las partes en conflicto a una guerra mortal en 27 de septiembre de 2020. Así, como se dijo antes, cuando Armenia violó el alto el fuego las Fuerzas Militares de Azerbaiyán comenzaron la operación contraofensiva a lo largo de todo el frente a la agresión armenia contra Azerbaiyán, el 27 de septiembre de 2020, comenzó la liberación de los territorios, que habían sido ocupados por Armenia a raíz de la Primera Guerra de Karabaj de principios de los años noventa. A este respecto, durante su discurso a la nación el 10 de noviembre, tras firmar la Declaración Trilateral antes mencionada con el Presidente ruso y el Primer Ministro armenio, el Presidente Ilham Aliyev declaró que «Hoy es un día histórico para nuestro país. Hoy se pone fin al conflicto entre Armenia y Azerbaiyán en Nagorno Karabaj. Creo que la declaración trilateral que se acaba de firmar pondrá fin a la resolución del conflicto». 667
Desde entonces, el Presidente Ilham Aliyev se ha reunido varias veces con el Primer Ministro Nikol Pashinyan por iniciativa de la Unión Europea y Rusia para lograr la paz definitiva entre Azerbaiyán y Armenia. En cuanto a la existencia de Nagorno-Karabaj como entidad, el Presidente Ilham Aliyev declaró: «Hemos resuelto esta cuestión. Lo quiera o no Armenia, el mundo entero ya lo ha aceptado. Hemos resuelto el conflicto de Nagorno Karabaj. En cuanto al territorio administrativo de Nagorno Karabaj, no existe en Azerbaiyán. Por lo tanto, Nagorno-Karabaj no está en el léxico de las organizaciones internacionales».668 En este sentido, durante una reunión bilateral con el presidente ruso Vladimir Putin en Sochi el 31 de octubre de 2022, el presidente Ilham Aliyev aclaró: «El conflicto de Karabaj ya ha pasado a la historia. Se resolvió hace dos años, por lo que prácticamente no hay nada que discutir en este contexto».669 Durante la reunión, el Presidente Ilham Aliyev también destacó que «En el documento final, el término «Karabaj» o «Nagorno-Karabaj» no se utiliza, ni siquiera se menciona una sola palabra relacionada con Karabaj».670
Mientras demostraba en la reunión de Sochi una vez más que no comprometerá los intereses nacionales de Azerbaiyán, el presidente Ilham Aliyev declaró que la población armenia de la región de Karabaj son ciudadanos de Azerbaiyán y que no discutirá con nadie cómo organizará Azerbaiyán su vida dentro de su territorio. A este respecto, declaró además que “¡Karabaj es Azerbaiyán! La segunda guerra de Karabaj lo demostró sobre el terreno. Durante la ocupación, ningún país del mundo, incluida Armenia, reconoció a esta supuesta institución. Por lo tanto, nunca discutimos cuestiones relacionadas con nuestros asuntos internos con organizaciones internacionales ni con ningún país, independientemente de su tamaño y potencial”.671