Como presidente de la República de Azerbaiyán, Heydar Aliyev desempeñó un papel crucial en el proceso de regulación del conflicto de Nagorno-Karabaj. Gracias a sus esfuerzos, el conflicto se convirtió en uno de los temas más debatidos por las organizaciones internacionales en la década de 1990. Heydar Aliyev consiguió neutralizar la posición de la comunidad internacional ante el conflicto, que en las primeras fases del proceso de mediación había apoyado principalmente la versión armenia de la disputa. Durante su presidencia, Heydar Aliyev acogió con satisfacción todas las iniciativas de consolidación de la paz, tanto multilaterales como unilaterales, porque consideraba que la resolución del conflicto como su principal reto. La posición clave de Heydar Aliyev a la hora de intentar resolver el conflicto era el principio de integridad territorial del Estado. A este respecto, siempre afirmó que la integridad territorial de Azerbaiyán nunca se vería comprometida.

En 1993, cuando Heydar Aliyev llegó al poder en Azerbaiyán, el país estaba sumido en la agitación política y amenazado por una guerra civil.592 Las condiciones económicas y sociales eran difíciles. Además, el país estaba en desventaja en la guerra con Armenia por Nagorno-Karabaj, que más tarde se saldó con la pérdida del 20% de su territorio y el desplazamiento forzoso de un millón de ciudadanos de Nagorno-Karabaj y las regiones circundantes. Azerbaiyán fue presentado como agresor por la diáspora armenia, mientras que los armenios de Nagorno Karabaj como las víctimas de esta agresión.593

El gobierno azerbaiyano de la época no pudo presentar su posición respecto al conflicto en los medios de comunicación internacionales porque era incapaz de romper el bloqueo informativo creado por la diáspora armenia.594 Heydar Aliyev era consciente de la situación real del conflicto y empezó a remodelar sus políticas en consecuencia. En este sentido, comenzó a poner en práctica una estrategia multifacética basada en neutralizar las posiciones de los Estados proarmenios, obtener el apoyo de Estados anteriormente imparciales, fortalecer las relaciones con Estados y organizaciones internacionales cuya posición era más cercana a la de Azerbaiyán y presionar a Armenia a través de múltiples medios.595 Inicialmente, trató de aplicar una política equilibrada entre los Estados de la región y establecer relaciones bilaterales con Estados Unidos y los países de la UE.596

Para neutralizar la posición de Rusia en el conflicto, Aliyev realizó su primera visita oficial a Moscú y restableció la pertenencia de Azerbaiyán a la CEI. Sin embargo, no permitió que Moscú reinstalara su base militar en Azerbaiyán.597 Este intento de Heydar Aliyev tuvo como resultado la firma de un acuerdo de alto el fuego con Armenia en Bishkek en 1994.598 Heydar Aliyev reconoció que el fortalecimiento de las relaciones con EE.UU. era importante para la protección de la independencia y en la solución del conflicto de Nagorno-Karabaj. Aunque EEUU reconoció la independencia de Azerbaiyán en 1992, debido a la actividad antiazerbaiyana de la diáspora armenia en EEUU, no pudieron establecerse relaciones bilaterales efectivas basadas en el interés mutuo. Además, la adopción de la Sección 907 de la Ley de Apoyo a la Libertad restringió el apoyo gubernamental estadounidense a Azerbaiyán, lo que afectó en consecuencia a la relación entre ambos Estados.599 La política de Heydar Aliyev de atraer un mayor interés privado estadounidense por los recursos energéticos del país le permitió cambiar los planteamientos. Como resultado del establecimiento de una actitud positiva entre los Estados, las compañías energéticas estadounidenses pudieron poseer el 40% de las acciones de la explotación del petróleo de Azerbaiyán mediante el contrato “Deal of Century” firmado en 1994.600 Estaba claro que los conflictos regionales eran un factor esencial que amenazaba la estabilidad regional y los proyectos energéticos. Por ello, Estados Unidos comenzó a implicarse más activamente en el proceso de mediación y, en 1997, se convirtió en uno de los copresidentes del Grupo de Minsk de la OSCE con la reclamación de Azerbaiyán 601.

En 1997, durante su visita oficial a EE.UU., donde se reunió con el Presidente Bill Clinton, el Presidente Aliyev subrayó la importancia de derogar la Sección 907, que impedía el fortalecimiento de las relaciones entre ambos países. Desgraciadamente, la fuerte resistencia del lobby armenio estadounidense en el Congreso impidió la derogación de la Sección 907 hasta 2002. Sin embargo, Bill Clinton también hizo hincapié en la necesidad de derogar la Sección 907. En 2002, debido a la necesidad de la participación de Azerbaiyán en la coalición antiterrorista, por decisión del presidente George Bush se suspendió temporalmente la aplicación de la Sección 907.602 Sin duda alguna, los intentos anteriores de Heydar Aliyev de que se derogara la Sección 907 desempeñaron un papel crucial en la preparación del terreno para que se suspendiera la Sección.

Heydar Aliyev reconoció el papel mediador de la OSCE y participó activamente en las cumbres de esta organización. También aceptó la organización como plataforma para subrayar la posición de Azerbaiyán en la disputa.603

En particular, la Cumbre de la OSCE celebrada en Lisboa en 1996 desempeñó un papel crucial en la diplomacia de Heydar Aliyev en la diplomacia del conflicto de Nagorno-Karabaj. Aunque los principios ofrecidos por Azerbaiyán para la solución del conflicto no se incluyeron en el documento final de la cumbre debido a la protesta de la parte armenia, el principio de la solución del conflicto dentro de la integridad territorial de Azerbaiyán fue aceptado por la mayoría de los Estados participantes.604

Más tarde, el grupo de Minsk de la OSCE propuso proyectos de paz como un “acuerdo paquete”, un “acuerdo paso a paso” y un “Estado común”. Si bien Heydar Aliyev aceptó el “paquete de medidas” y el “acuerdo paso a paso”, rechazó la propuesta del “Estado común” porque cuestionaba los intereses nacionales de Azerbaiyán. En 1999 y 2001, se organizaron reuniones bilaterales entre Heydar Aliyev y Robert Kocharyan en Washington, París y Key West. Sin embargo, estas reuniones, lamentablemente, no contribuyeron a resolver el conflicto.605

Durante su presidencia, Heydar Aliyev consiguió que la comunidad internacional comprendiera la postura de Azerbaiyán. Promovió argumentos objetivos sobre la guerra, logró un acuerdo de alto el fuego que puso fin a la violencia, ayudó a convencer a las organizaciones internacionales para que incluyeran el tema en sus agendas y participó en varias iniciativas multilaterales y unilaterales para resolver el conflicto.