El Proceso de Praga fue una serie de negociaciones entre los representantes personales de los Presidentes de Armenia y Azerbaiyán iniciadas por el Grupo de Minsk de la OSCE en 2002 tras el fracaso de la reunión de Key West entre los Presidentes en Estados Unidos. El Grupo de Minsk pretendía que el Proceso de Praga colmara las lagunas de las reuniones en curso entre los presidentes de ambos países. Así, la primera ronda de conversaciones se celebró el 14 de mayo de 2002 en Stirin, a las afueras de Praga, entre los representantes personales de Kocaryan y Aliyev, bajo la presidencia del Grupo de Minsk. El Viceministro de Asuntos Exteriores de Armenia, Tatoul Markarian, Viceministro de Asuntos Exteriores de Armenia, y Araz Azimov, Viceministro de Asuntos Exteriores de Azerbaiyán, representaron a los presidentes, respectivamente.606
Posteriormente, el recién nombrado Ministro de Asuntos Exteriores de Azerbaiyán, Elmar Mammadyarov, y el Ministro de Asuntos Exteriores armenio, Vartan Oskanian, que mantuvieron su primera reunión en Praga el 16 de abril de 2004, continuaron el proceso. Sin embargo, antes de que comenzara el Proceso de Praga, los ministros expusieron las posturas de las partes sobre la resolución del conflicto de Nagorno Karabaj. Así, Elmar Mammadyarov declaró que «Azerbaiyán no aceptará ni el estatuto de Estado independiente de [Nagorno Karabaj] ni que [Nagorno Karabaj] forme parte de Armenia». Las nuevas propuestas del Grupo de Minsk de la OSCE para la resolución del conflicto deben basarse en estos principios».607
Por otro lado, su homólogo, Vartan Oskanian, argumentó que el “problema sólo puede resolverse mediante la autodeterminación del pueblo [de Nagorno Karabaj]. Esto puede lograrse mediante la unificación de Armenia y [Nagorno Karabaj] y por el reconocimiento de la comunidad mundial y de Azerbaiyán. No hay otro camino “608.
Las cuatro reuniones de Ministros de Asuntos Exteriores se celebraron en el marco del Proceso de Praga entre 2004 y 2006. Según el Copresidente del Grupo de Minsk de la OSCE, se acordó un nuevo método: “sin orden del día, sin compromisos, sin negociaciones, sino un debate libre, sobre cualquier cuestión propuesta por Armenia, por Azerbaiyán o por los Copresidentes”.609 Los dos Ministros también lograron dos resultados significativos durante las negociaciones:
En términos generales, el Proceso de Praga suscitó inicialmente esperanzas de que pudiera alcanzarse una solución global del conflicto de Nagorno-Karabaj. El proceso de negociación se basaría en la retirada de las fuerzas militares armenias de los cinco territorios ocupados de Azerbaiyán situados fuera de Nagorno-Karabaj y en el regreso de los desplazados internos a sus lugares de residencia históricos. Sin embargo, las partes no llegaron a un acuerdo sobre el estatuto definitivo de Nagorno Karabaj. El resultado de las negociaciones entre las partes en el marco del Proceso de Praga fue que el estatuto definitivo de Nagorno-Karabaj se determinaría mediante votación. Lo que Armenia buscaba con la votación era el reconocimiento internacional o la unificación con Armenia. Por otro lado, Azerbaiyán se oponía a cualquier intento de violar su integridad territorial y declaró que estaba dispuesto a conceder a Nagorno Karabaj el estatuto de autonomía más elevado. Otro punto conflictivo fue la cuestión de las regiones ocupadas de Lachin y Kalbajar, en Azerbaiyán, que conectaban Nagorno-Karabaj con la República de Armenia. Armenia exigió la desmilitarización de ambas regiones para asegurar el corredor. Sin embargo, Azerbaiyán exigió la retirada de todas las fuerzas armenias de estos territorios. Insistió en que se concedieran plenos derechos a los desplazados internos, que habían sido desplazados de estas regiones durante el conflicto. Encontrar una solución a estas cuestiones parecía difícil en la mesa de negociaciones, ya que Armenia no aceptaba el dominio de Azerbaiyán sobre Nagorno-Karabaj, y Azerbaiyán no veía con buenos ojos la secesión de Nagorno-Karabaj. Debido a estas cuestiones controvertidas, en las conversaciones directas entre Ilham Aliyev y Robert Kocharian en Rambouillet en febrero, en Bucarest en junio y en Minsk en noviembre, las partes volvieron a fracasar a la hora de alcanzar un acuerdo.611 Así pues, la falta de voluntad política y la desconfianza obstaculizaron las negociaciones en el marco del Proceso de Praga, seguidas más tarde por los Principios de Madrid.