El rechazo de las propuestas de paz del Grupo de Minsk de la OSCE por las partes en conflicto en 1997 y 1998 provocó un pesimismo generalizado sobre las negociaciones de paz sobre la cuestión de Nagorno Karabaj. En 1999 el proceso se elevó a nivel presidencial. En abril de ese año, los presidentes de ambos países, Heydar Aliyev y Robert Kocharian, se comprometieron a celebrar reuniones para resolver el conflicto de Nagorno-Karabaj por vías pacíficas. En la Cumbre de la CEI celebrada en Moscú el 2 de abril, los dirigentes acordaron celebrar una serie de reuniones para alcanzar un acuerdo sobre el conflicto. En consecuencia, se reunieron en Washington el 24 de abril, en Ginebra los días 16 y 22 de agosto y en Yalta (Ucrania) el 10 de septiembre. En estas reuniones, los líderes acordaron hacer cumplir el régimen de alto el fuego, fomentar la confianza y evitar incidentes fronterizos. Las partes también acordaron reanudar las negociaciones en el marco del Grupo de Minsk de la OSCE.576
La última reunión entre Aliyev y Kocharyan se celebró el 11 de octubre en Sadarak, ciudad azerbaiyana situada en la frontera entre la República Autónoma de Najicheván y la República de Armenia. Se argumentó que esta reunión, con su carácter secreto, probablemente empujó a las partes a un compromiso mutuo sobre la solución del conflicto. Así, las partes elaboraron la llamada propuesta de «intercambio de tierras». Refiriéndose a ella, Gerard Libaridian escribió que «Kocharian había exigido que [Nagorno-Karabaj] se anexionara a Armenia y, en principio, aceptó la exigencia de Aliyev de devolver a Azerbaiyán el control del distrito de Meghri del sur de Armenia que separa el exclave de [Najicheván] de Azerbaiyán».577. Por otro lado, centrándose en el «intercambio de tierras», el ex ministro de Asuntos Exteriores de Azerbaiyán, Tofig Zulfugarov, escribió en 2005 que «los parámetros que rodeaban esta propuesta se mantuvieron en secreto, e incluso hoy es difícil decir con precisión en qué consistía la propuesta o quién fue su autor».578 Sin embargo, independientemente de que los parámetros de las negociaciones estuvieran claros, se esperaba que, como resultado de la reunión confidencial entre los líderes de ambos países, se llegara a un acuerdo sobre Nagorno-Karabaj en la Cumbre de Estambul de la OSCE, en noviembre de 1999. Aunque no había información precisa, la entrevista que Heydar Aliyev concedió al canal de televisión turco Samanyolu tres días después de la reunión dejó claro que la Cumbre de Estambul era de importancia indispensable para una solución pacífica del conflicto.579
Como parte de sus esfuerzos por asegurar su posición en el Cáucaso Sur promoviendo la paz y la estabilidad, Estados Unidos emprendió unilateralmente una intensa diplomacia itinerante. Así, la Secretaria de Estado Madeleine Albright mantuvo correspondencia con Aliyev y Kocharyan. Los días 26 y 27 de octubre, el Vicesecretario de Estado Strobe Talbott visitó las capitales de los respectivos países para impulsarles hacia la fase final de las negociaciones.580 Sin embargo, todos los esfuerzos de paz del gobierno de EE.UU y los Presidentes de Azerbaiyán y Armenia, así como las expectativas sobre la Cumbre de Estambul, se vinieron abajo debido a un fiasco político. Durante la visita del Vicesecretario de Estado estadounidense Strobe Talbott a la región, se produjo un impactante incidente en el parlamento armenio. Un pequeño grupo de hombres armados entró en el edificio del parlamento y mató a ocho políticos destacados, entre ellos el primer ministro de Armenia, Vazgen Sargsian, el presidente del parlamento, Karen Demirchian, y el líder del antiguo Partido Comunista.581
En el parlamento armenio hubo opiniones divergentes sobre el incidente, pero en general se creía que, de un modo u otro, Rusia estaba implicada en el atentado terrorista. A este respecto, un antiguo coronel del Servicio de Seguridad de la Federación Rusa, Alexander Litvinenko, que en aquel momento vivía en Gran Bretaña como solicitante de asilo, afirmó que los servicios especiales rusos estaban detrás del incidente terrorista del 27 de octubre de 1999 en el Parlamento armenio. Según él, «este sabotaje permitió a la élite política rusa impedir la firma del acuerdo sobre la solución del conflicto de Karabaj… El proceso pacífico se estaba desarrollando al margen del control de Rusia y eso hizo que los servicios especiales rusos llevaran a cabo la misión especial en el parlamento armenio».582
Sin embargo, las autoridades armenias rechazaron las acusaciones de Alexander Litvinenko. Según Artsvin Baghramian, portavoz del Servicio de Seguridad Nacional de Armenia, «durante el juicio no surgió ni un solo hecho ni siquiera un indicio relacionado con la teoría de Litvinenko». Al tiempo que calificaba a Litvinenko de «enfermo», el asesor de seguridad nacional de Kocharyan, Garnik Isagulian, declaró: «no estamos obligados a refutar o confirmar los productos de la imaginación morbosa de alguien… Un tribunal armenio dictó una sentencia en relación con el caso y el asunto quedó cerrado.583 Sin embargo, tanto si Rusia estuvo implicada en el incidente como si no, fue la razón principal por la que los líderes detuvieron el proceso de negociación en su fase final antes de la firma prevista en la próxima Cumbre de Estambul. En consecuencia, la cumbre produjo una declaración en la que se afirmaba que «Aplaudimos en particular la intensificación del diálogo entre los Presidentes de Armenia y Azerbaiyán… con la esperanza de reanudar las negociaciones en el seno del Grupo de Minsk de la OSCE».584
