Las reivindicaciones territoriales de Armenia sobre Nagorno-Karabaj continuaron tras la Segunda Guerra Mundial. En otoño de 1945, Armenia apeló una vez más a Moscú para que Nagorno-Karabaj se anexionara a la RSS Armenia, cuando Grigory Arutyunov, Secretario del Comité Central del Partido Comunista de la RSS de Armenia, envió un telegrama en noviembre a Georgy Malenkov, Secretario del Comité Central del Partido Comunista de toda Rusia, en un intento de “dar razones” para que Nagorno-Karabaj se transfiriera a la RSS de Armenia. Cuando Malenkov transmitió el telegrama de Arutyunov a Mir Jafar Baghirov, Primer Secretario del Comité Central del Partido Comunista de Azerbaiyán, el 28 de noviembre de 1945, este último redactó una amplia respuesta y una contrapropuesta y se la envió a Malenkov el 10 de diciembre. En esta contrapropuesta, Mir Jafar Baghirov afirmaba que era posible transferir Nagorno Karabaj a la RSS de Armenia, excepto Shusha, habitada en su inmensa mayoría por azerbaiyanos étnicos. Sin embargo, a cambio, algunas regiones de la RSS de Armenia que históricamente formaban parte de Azerbaiyán y estaban habitadas principalmente por azerbaiyanos étnicos, pero que se habían separado de ella y anexionado a Armenia y otros países vecinos, deberían transferirse a la RSS de Azerbaiyán. Esta contrapropuesta de Mir Jafar Bagirov no fue bien recibida ni por los líderes soviéticos ni por los armenios, y los dirigentes armenios retiraron el tema de la agenda y volvieron a él sólo después de la muerte de Stalin.276
Tras la Segunda Guerra Mundial, Armenia empezó a adoptar contramedidas contra Azerbaiyán. En octubre de 1946, los dirigentes soviéticos aprobaron un decreto por el que los armenios que vivían en el extranjero serían reasentados en la RSS de Armenia. Además, el 23 de diciembre de 1947, el Consejo de Ministros de la Unión Soviética adoptó una resolución “Sobre el reasentamiento de agricultores colectivos y otros azerbaiyanos de la RSS de Armenia en las tierras bajas de Kur[a]-Aras de la RSS de Azerbaiyán”. Como resultado, más de 150.000 azerbaiyanos fueron deportados de la RSS de Armenia entre 1948 y 1956 y asentados en las zonas económico-geográficas de Kura-Aras y Mil-Mugan de la RSS de Azerbaiyán.277 A través de estas deportaciones, la RSS de Armenia logró su objetivo de reducir considerablemente el número de azerbaiyanos en la RSS de Armenia. Se trataba entonces de esperar el momento oportuno para realizar nuevas reclamaciones territoriales contra la RSS de Azerbaiyán.
El ambiente político más relajado que reinaba en la Unión Soviética a mediados de la década de 1950, tras la muerte de Stalin, propició el aumento de la conciencia nacional en Azerbaiyán. Esta tendencia azerbaiyana hacia el renacimiento nacionalista aumentó la preocupación de los dirigentes soviéticos. Por ello, volvieron a plantear la cuestión de Nagorno Karabaj, siguiendo el consejo de Anastas Mikoyan y Mikhail Suslov de mantener a Azerbaiyán bajo control. La propaganda antiturca y antiazerbaiyana volvió a recrudecerse en la RSS de Armenia. Como consecuencia, el Technikum Pedagógico de Azerbaiyán y sus estudiantes fueron trasladados de Ereván a la región de Khanlar (actual Goygol) de la RSS de Azerbaiyán. La sucursal azerbaiyana del Instituto Pedagógico Armenio de Ereván fue cerrada 278. Sin embargo, los dirigentes soviéticos se dieron cuenta de que esto podría tener resultados indeseables y resolvieron el problema a favor de Azerbaiyán.
Además, durante su visita a Bakú en 1958, el catolicós armenio Vazgen I planteó una cuestión relativa a la transición de Nagorno-Karabaj a la RSS de Armenia, la apertura de un seminario teológico armenio en Bakú y la autorización
Para hacer sonar la campana de la iglesia armenia de Bakú. Sin embargo, los dirigentes azerbaiyanos rechazaron todas las cuestiones planteadas por Vazgen I.280 En la década de 1960, la cuestión de Nagorno-Karabaj entró en una nueva fase, inspirada por el “deshielo” de Jruschov tras la muerte de Stalin. La siguiente ronda de propaganda antiazerbaiyana por parte de Armenia comenzó a mediados de la década de 1960 con los preparativos del 50 aniversario del llamado genocidio armenio en 1965. Mientras tanto, el “Comité Karabaj” comenzó a operar abiertamente. En mayo de 1963, Armenia envió una nueva petición a Jruschov, con 2500 firmas de armenios de Karabaj y con el mismo contenido que antes. Sin embargo, Jruschov rechazó la petición armenia de anexionar Nagorno-Karabaj a Armenia. La petición fue seguida de una manifestación masiva en Ereván en 1965. 281 Los sentimientos nacionales de los armenios de Nagorno-Karabaj se exacerbaron aún más y empezaron a reprimir abiertamente a los azerbaiyanos. En aquel momento, los dirigentes soviéticos no estaban haciendo nada serio para evitar las hostilidades entre las comunidades armenia y azerbaiyana de Nagorno Karabaj, sólo intentaban reforzar la idea de la “amistad de las naciones”.”282 En 1967, la población armenia de la región de Nagorno Karabaj envió otra petición a los dirigentes de la RSS de Armenia, que sólo sirvió para aumentar la hostilidad y la desconfianza entre las dos comunidades de la región y dio lugar a un enfrentamiento en Khankendi (Stepanakert) en 1968 en el que murieron algunas personas de ambos bandos.283
Además, el 7 de mayo de 1969, el Presidium del Soviet Supremo de la RSS de Azerbaiyán confirmó la decisión del mismo órgano de fecha 5 de mayo de 1938, por la que ciertas tierras del territorio de Azerbaiyán debían ser entregadas a la RSS de Armenia. Sin embargo, el nombramiento de Heydar Aliyev como Primer Secretario del Comité Central del Partido Comunista de la RSS de Azerbaiyán el 14 de julio de 1969 impidió que esta decisión se llevara a la práctica.284 Heydar Aliyev asumió un gran riesgo en aras de los intereses nacionales del pueblo de Azerbaiyán e impidió que las tierras azerbaiyanas fueran anexionadas a la RSS de Armenia. Sin embargo, debido a la indiferencia de los dirigentes azerbaiyanos en 1986, algunas de las zonas especificadas en la decisión del 5 de mayo de 1938 fueron anexionadas a la RSS de Armenia.
