Tras el Tratado de Gulistan, que concluyó la primera etapa de la división del territorio de Azerbaiyán entre los imperios zarista y persa, se firmó otro tratado, entre los imperios persa y británico contra el zarista, el 25 de noviembre de 1814. Según los términos de este tratado, Irán garantizaría la seguridad de la India dentro de sus fronteras, y Gran Bretaña proporcionaría a Irán ayuda financiera y militar a cambio.

En 1823, se firmó un acuerdo de cooperación entre los imperios persa y otomano, con la mediación del Imperio Británico, para poner fin a la guerra entre ambos imperios que había comenzado en 1821.175 Durante ese periodo, se habían producido rebeliones en el Cáucaso Norte contra el Imperio zarista, que por tanto se abstuvo de entablar una nueva guerra con el Imperio persa. El diplomático zarista que fue enviado a Persia expresó la voluntad del Imperio zarista de entregar parte de los kanatos de Karabaj y Lankarán al Imperio persa para impedir que el Sha del Imperio persa iniciara una nueva guerra. Sin embargo, el Sha declaró la guerra al Imperio zarista el 14 de diciembre de 1825, en vísperas de la revolución de San Petersburgo. El momento de la declaración de guerra se consideró perfecto porque, mientras el Imperio zarista estaba ocupado con problemas internos, no podía defenderse del Imperio persa. Los kanes de los kanatos de Azerbaiyán, que habían obtenido asilo en el Imperio persa tras el Tratado de Gulistan, influyeron profundamente en la decisión del sha de declarar la guerra al Imperio zarista 176.

La guerra comenzó el 19 de julio de 1826, cuando las fuerzas militares de Abbas Mirza atacaron Karabaj. El asedio de 48 días de la fortaleza de Shusha por el ejército persa ayudó al Imperio zarista a ganar tiempo para desplegar más fuerzas militares en la región. Durante ese tiempo, los rusos fueron sacados de Ganyá, Shaki y Shamakhi, respectivamente, por Ugurlu Khan, Salim Khan y Mustafa Khan. Sin embargo, Bakú y Lankarán seguían controladas por las fuerzas militares del Imperio zarista. La derrota del ejército persa por las fuerzas militares del Imperio zarista cerca de Shamkir el 3 de septiembre de 1826 obligó a Abbas Mirza a dejar de asediar la fortaleza de Shusha. La derrota de Abbas Mirza en la batalla decisiva cerca de Ganyá el 13 de septiembre marcó un punto de inflexión en la guerra. Las fuerzas militares del Imperio zarista avanzaron hacia Najicheván tras hacerse con el control del puente de Khudafarin. Najicheván fue ocupada en junio de 1827. La victoria de las fuerzas militares zaristas en la batalla de Cavanbulag les permitió ocupar Abbasabad, una fortaleza de importancia estratégica para la protección de Najicheván. La ocupación de la fortaleza de Sardarabad fue seguida por la toma de Iravan el 1 de octubre. De este modo, las fuerzas militares del Imperio zarista no tuvieron que hacer frente a ningún obstáculo en su avance hacia el sur de Azerbaiyán. Tabriz fue ocupada el 13 de octubre. Las negociaciones entre los imperios zarista y persa, con mediación británica, en noviembre no concluyeron con éxito. La ocupación de Urmia y Ardabil en enero de 1828 obligó a Fath Ali Shah a iniciar nuevas negociaciones con el imperio zarista 177.

El 10 de febrero de 1828 se firmó un tratado de paz entre Abbas Mirza y el general Paskevitch en la aldea de Turkmenchay. El Tratado de Turkmenchay constaba de 16 artículos. En virtud del artículo III, los kanatos de Najicheván e Iraván se anexionaron al Imperio zarista. Al igual que en el Tratado de Gulistan, sólo el Imperio zarista poseía el derecho exclusivo a tener buques de guerra en el mar Caspio, de acuerdo con el artículo VIII del Tratado de Turkmenchay. El artículo VI, a su vez, especificaba que el Imperio persa se comprometía a indemnizar al Imperio zarista mediante la entrega de 20 millones de monedas de plata. A los comerciantes rusos se les concedieron privilegios especiales y derechos exclusivos para comerciar dentro del Imperio Persa. El artículo XV del Tratado de Turkmenchay trataba especialmente de la condición, la migración en caso de necesidad y el reasentamiento de la población de acuerdo con la nueva normativa 178.

Gracias a los esfuerzos de A.S. Griboyedov y del general J.F. Paskevitch, los armenios traídos del Imperio persa fueron reasentados en Azerbaiyán por el Imperio zarista en virtud del artículo XV del Tratado de Turkmenchay. El asentamiento de armenios en el norte de Azerbaiyán por el Imperio zarista no fue una casualidad. Estaba previsto en el Decreto de Pedro I promulgado el 10 de noviembre de 1724. Para llevar a cabo este plan, se crearon condiciones y oportunidades favorables en las décadas de 1820 y 1830. Tras la ocupación del Kanato de Iraván, se tomaron medidas para proporcionar una base legal a este proceso migratorio. A.S. Griboyedov, representante del Imperio zarista ante el Imperio persa, desempeñó un papel crucial en la realización del plan de migración preparado por un armenio llamado Catholicos Nerses. La carta de Griboyedov al Zar contiene información valiosa sobre el plan de migración. En marzo de 1828, un mes después de la firma del Tratado de Turkmenchay, 700 familias armenias fueron reasentadas en la región azerbaiyana de Karabaj-Barda. El Comité de Migración que se formó principalmente para esta cuestión asentó a la población armenia en la orilla norte del río Aras, principalmente en las regiones azerbaiyanas de Karabaj, Iravan y Yelizavetpol (Ganyá). Los armenios que emigraron gozaron de privilegios especiales. Estos armenios estaban exentos de todos los impuestos y derechos y recibían un subsidio mensual de 25 rublos por persona durante los seis años siguientes. Los subsidios se asignaron a partir de la indemnización que pagó el Imperio Persa.179 Entre 1828 y 1930, 40.000 armenios del Imperio Persa y 85.000 armenios del Imperio Otomano se reasentaron en Azerbaiyán. Para el asentamiento de los armenios se asignaron 200 mildessiatine de tierras del Tesoro. Además, se compraron territorios a terratenientes musulmanes por 2 millones de manats de la época. En 1911, el historiador ruso N. Shavrov escribió que alrededor de 1,3 millones de armenios vivían en el Cáucaso meridional a principios del siglo XX. Más de un millón de estos armenios se reasentaron en estos territorios debido a la política migratoria de la Rusia zarista 180.

La firma del Tratado de Turkmenchay puso fin a las luchas entre los imperios zarista y persa. Este tratado puso fin oficialmente a la división de Azerbaiyán en dos partes. El Imperio zarista pretendía crear una fortaleza en territorios ocupados de Azerbaiyán. Diferentes grupos étnicos y naciones de los países vecinos se asentaron en Azerbaiyán como resultado de la política migratoria del Imperio zarista, lo que influyó significativamente y cambió gravemente la composición étnica y la situación demográfica de la población de Azerbaiyán. Sobre la cuestión del asentamiento de armenios en Azerbaiyán, Griboyedov escribió que, pasado un tiempo, los armenios reclamarían que los territorios en los que se asentaron como resultado de la política migratoria del Imperio zarista les pertenecían 181. Así pues, la predicción de Griboyedov se hizo realidad, y Armenia inició reclamaciones territoriales contra Azerbaiyán, lo que provocó controversias definitivas entre la población local. Además, a partir de 1828, el Imperio zarista prosiguió deliberadamente sus actividades, junto con los armenios, para crear una «provincia armenia» en los kanatos de Najicheván e Iraván, en consonancia con su política migratoria y su intención de crear una zona tampón a lo largo de su frontera con el Imperio Otomano.