El Protocolo de Bishkek se firmó el 8 de mayo de 1994 en una reunión celebrada en Bishkek, capital de Kirguizistán, por iniciativa de la Asamblea Interparlamentaria de la organización regional respaldada por Rusia, la Comunidad de Estados Independientes (CEI), el Parlamento de Kirguizistán, la Asamblea Federal y el Ministerio de Asuntos Exteriores de la Federación Rusa los días 4 y 5 de mayo de 1994. El Protocolo subrayaba la importancia de fomentar todas las opciones para evitar las hostilidades armadas entre la República de Armenia y la República de Azerbaiyán sobre Nagorno-Karabaj, una situación perjudicial no solo para la población de estas dos repúblicas, sino que también repercute negativamente en el conjunto de la región y complica gravemente la situación internacional. Además, seriamente, el Protocolo estaba a favor del natural papel activo de la CEI y de la Asamblea Interparlamentaria; instaba a las partes en conflicto a un alto el fuego a medianoche del 8 al 9 de mayo de 1994; y proponía a los parlamentos de los estados miembros de la CEI el envío de fuerzas de mantenimiento de la paz de la CEI a la región.505

Las delegaciones parlamentarias de los países de la CEI se reunieron los días 4 y 5 de mayo para debatir el conflicto de Nagorno-Karabaj y firmar el Protocolo de Bishkek, Afiyettin Jalilov, vicepresidente del Parlamento azerbaiyano y jefe de la delegación de Azerbaiyán en Bishkek, se negó a firmar el protocolo y declaró que necesitaba la aprobación de Heydar Aliyev, Presidente de la República de Azerbaiyán. Según Thomas de Waal, «los dirigentes azerbaiyanos se enfrentaban a una dura disyuntiva. Si firmaban el protocolo, tendrían la mejor oportunidad de alcanzar la paz, pero también tendrían que renunciar a sus ambiciones militares y enfrentarse a una reacción interna».506

Dado que la delegación azerbaiyana se negó a firmar el Protocolo sin el consentimiento del Presidente Aliyev, las partes en la negociación llegaron a un acuerdo por el que el espacio para la firma de Jalilov se dejaría en blanco hasta que se obtuviera la aprobación de Bakú. El Presidente Aliyev se encontraba en Bruselas en visita oficial durante la reunión de Bishkek. Cuando regresó a Bakú el 8 de mayo, Vladimir Kazimirov, Embajador en Misión Especial y Representante Plenipotenciario del Presidente de la Federación Rusa en el proceso de resolución del conflicto de Nagorno-Karabaj y jefe de la misión de mediación rusa, también visitó Azerbaiyán para negociar el Protocolo de Bishkek con el Presidente azerbaiyano. Tras una larga negociación, la parte azerbaiyana llegó a la conclusión de que firmaría el Protocolo si se introducían dos cambios en el documento.507

Como resultado, en la firma del Protocolo de Bishkek, el 8 de mayo de 1994, se incluyeron las siguientes alteraciones en el documento: «Se firma en los términos en que en el párrafo 5 de este texto, en la tercera línea desde la parte superior, antes de la palabra «monitores», se añadirá la palabra «internacionales» y en la sexta línea desde la parte superior del mismo párrafo, la palabra «ocupados» se sustituirá por la palabra «incautados». 508 Además, la parte azerbaiyana también consideró esencial añadir la firma de Nizami Bajramov, líder de la comunidad azerbaiyana de Nagorno Karabaj en aquel momento. Sin embargo, ese día no estaba presente en Bakú.509 Así pues, seis hombres, entre ellos dos armenios y un funcionario azerbaiyano, el presidente del parlamento, firmaron el Protocolo de Bishkek.

En cuanto a la importancia del Protocolo de Bishkek, el embajador ruso Vladimir Kazimirov declaró años después que en aquel momento ninguna otra institución internacional, aparte de la CEI, estaba seriamente interesada en la normalización de las relaciones y en poner fin al conflicto armado entre Azerbaiyán y Armenia. También declaró lo siguiente:

La reunión de Bishkek y el protocolo han desviado inmerecidamente la atención de la prensa e incluso de los investigadores de un documento más importante: la declaración del Consejo de Jefes de Estado de la CEI de 15 de abril de 1994, que por primera vez destacó la importancia primordial y la urgencia de poner fin al derramamiento de sangre en términos tan categóricos y a tal nivel. Aliyev y Ter-Petrosyan estaban de acuerdo con este documento, algo que ocurría raramente. Esto permitió intensificar los esfuerzos mediadores de la diplomacia rusa, que se vieron coronados por el éxito un mes después.510

En cuanto al Protocolo, Nicholas Miller argumentó que, aunque varias cuestiones en el Protocolo de Bishkek para su posterior resolución, el documento no abordaba las causas del conflicto de Nagorno-Karabaj entre las dos repúblicas del Cáucaso Sur, ni ofrecía una evaluación de las posibles consecuencias de los enfrentamientos. Según Miller, el protocolo, que Rusia respaldó para intereses en su vecindad meridional, se limitaba a sugerir a las partes del conflicto que la continuación del enfrentamiento militar iba en contra de sus intereses.511

En consecuencia, con apoyo ruso o no, el Protocolo de Bishkek propició el acuerdo de alto el fuego firmado entre Azerbaiyán y Armenia el 12 de mayo de 1994, que puso fin al mortal enfrentamiento militar entre las partes en conflicto y evitó la expulsión de los azerbaiyanos de sus lugares históricos y la masacre de azerbaiyanos civiles por parte de las fuerzas armenias.