Durante los primeros años de la Segunda Guerra Mundial, los dirigentes de la Unión Soviética elaboraron un terrorífico plan para Azerbaiyán. Según este plan, la población del país debía ser evacuada a Asia Central y Kazajstán. La razón de esta estrategia era que la Unión Soviética no confiaba en los azerbaiyanos debido al origen étnico y religioso de la población. Sin embargo, la participación del elevado número de azerbaiyanos en la Segunda Guerra Mundial, el importante papel del petróleo de Bakú para la Unión Soviética en la guerra, la victoria del Ejército Rojo en Stalingrado y el Cáucaso y los coherentes argumentos de Mir Jafar Baghirov, Primer Secretario del Comité Central del Partido Comunista de Azerbaiyán durante la Segunda Guerra Mundial, impiden a Stalin llevar a cabo este plan 272.

Sin embargo, la política rusa de divide y vencerás también se utilizó durante la Unión Soviética para gestionar su control sobre las naciones de las repúblicas de la Unión Soviética. Para ello, creó territorios conflictivos entre las repúblicas. Uno de estos puntos conflictivos era la región de Nagorno-Karabaj, un territorio que pertenecía históricamente a Azerbaiyán y que los armenios habían poblado como consecuencia de la política expansionista del Imperio zarista en la región. Sin embargo, Armenia argumentó que esta región había sido cedida a Azerbaiyán en virtud de una decisión del Kavbureau CC RCP (b) de 5 de julio de 1921. Por lo tanto, a principios de la década de 1940 se creó en Moscú un “Comité Karabaj” secreto bajo el mando de Anastas Mikoyan, líder armenio en la URSS.  Este comité tenía como objetivo animar a los líderes de la Unión Soviética a preservar al máximo sus intereses en el Cáucaso. Así, en otoño de 1945, el comité hizo un nuevo llamamiento a los dirigentes de la Unión Soviética para que separaran Nagorno Karabaj de la RSS de Azerbaiyán y lo anexionaran a la RSS de Armenia. En la carta enviada a Mir Jafar Baghirov el 28 de noviembre de 1945 se le pedía su opinión al respecto. Mir Jafar Baghirov mantuvo que no existía ninguna base científica e histórica para anexionar el territorio histórico de Azerbaiyán a Armenia. Sin embargo, hizo una contrapropuesta según la cual es posible transferir Nagorno Karabaj a Armenia, excepto Shusha, que está abrumadoramente poblada por azerbaiyanos étnicos, a cambio de transferir a la RSS de Azerbaiyán ciertas regiones de la RSS de Armenia que eran territorios históricos de Azerbaiyán y estaban pobladas principalmente por azerbaiyanos étnicos, que se habían separado de ella y anexionado a Armenia y otros países vecinos. Esta contrapropuesta de Mir Jafar Baghirov no fue bien acogida ni por los dirigentes soviéticos ni por los armenios 273.

Además de la cuestión de Nagorno Karabaj, Armenia intentó utilizar la Segunda Guerra Mundial como pretexto adecuado para incluir el asentamiento de armenios de países vecinos en la RSS de Armenia en la agenda política de los dirigentes soviéticos con el fin de lograr su objetivo de establecer una “Gran Armenia”. Stalin fue informado sobre el asunto, y su consentimiento fue asegurado cuando las relaciones soviético-iraníes estaban siendo discutidas en la Conferencia de Teherán del 28 de noviembre al 1 de diciembre de 1943, entre la Unión Soviética, los EE.UU. y Gran Bretaña. 274

Después de la Segunda Guerra Mundial, Moscú comenzó la siguiente etapa de contramedidas contra Azerbaiyán bajo la presión de Armenia. Así, en octubre de 1946, la Unión Soviética aprobó un decreto que autorizaba a los armenios que vivían en el extranjero a establecerse en la RSS de Armenia. Además, el 23 de diciembre de 1947, el Consejo de Ministros de la Unión Soviética aprobó una resolución “Sobre el reasentamiento de. Agricultores Colectivos y otras Personas de Azerbaiyán de la RSS de Armenia a las Kur[a]-Aras de la RSS de Azerbaiyán”. El 10 de marzo de 1948 se adoptó otra resolución que autorizaba la deportación de azerbaiyanos desde Armenia. Durante la deportación, Armenia tuvo especial cuidado en deportar a los azerbaiyanos de asentamientos económico, social y culturalmente significativos. Así pues, la primera oleada de deportaciones de azerbaiyanos se llevó a cabo desde las zonas circundantes a Ereván y los centros de distrito, las aldeas cercanas y otros asentamientos. Esta acción puso de manifiesto la estrecha relación entre Armenia y los dirigentes de la Unión Soviética, que en aquel momento estaban estudiando las reclamaciones de Armenia en relación con Nagorno Karabaj como resultado de esta política soviética, más de 150.000 azerbaiyanos fueron deportados de la RSS Armenia entre 1948 y 1956 y reasentados en las regiones de Saatli, Goychay, Tartar, Imishli, Ali Bayramli (Shirvan), Zardab, Salyan, Kurdamir, Sabirabad, Beylagan, Yevlakh, Ujar, Gadabay y Barda de las zonas económico-geográficas de Kura-Aras y Mil-Mugan de la RSS de Azerbaiyán 275.