Los kanatos del norte de Azerbaiyán fueron abolidos gradualmente y convertidos en provincias y distritos (ayalat y daire en azerbaiyano) tras su anexión al Imperio zarista a principios del siglo XIX. En ese momento, se establecieron en Azerbaiyán seis provincias, a saber, Bakú (1808), Guba (1810), Shaki (1819), Shirvan (1820), Karabaj (1822) y Talysh (1826), además de dos okrugs (distritos), Yelizavetpol (1804) y Jar-Balakán, y dos distantsiyas (distritos o distancias menores) Kazaj (1812) y Shamshadil (1812). En ese momento, se establecieron en Azerbaiyán seis provincias, a saber, Bakú (1808), Guba (1810), Shaki (1819),Shirvan (1820), Karabaj (1822) y Talysh (1826), además de dos okrugs (distritos), Yelizavetpol (1804) y Jar-Balakán, y dos distantsiyas (distritos o distancias menores) Kazaj (1812) y Shamshadil (1812). Los comandantes gobernaban principalmente estas provincias y distritos. Los oficiales con rango de mayor o superior solían ser asignados a este cargo. Este sistema de gobierno administrativo, que continuó hasta 1841, fue descrito como sistema administrativo de comandantes o simplemente sistema de comandantes. Mediante el establecimiento de un sistema de comandantes, el Imperio zarista pretendía eliminar la tradición estatal preexistente en Azerbaiyán.
Cabe destacar que en la década de 1830 se produjeron numerosos levantamientos y rebeliones contra este sistema de comandancia en Azerbaiyán, que también se propuso suprimir la política del Imperio zarista en la región. Aunque estos levantamientos fueron brutalmente sofocados por el Imperio zarista, las razones socioeconómicas y políticas que prepararon el terreno para estos levantamientos persistían. Por ello, para evitar nuevos levantamientos, el Imperio zarista estableció a finales de la década de 1830 un plan para sustituir el sistema de comandancia por una administración imperial civil. Así, el 10 de abril de 1840, el zar Nikolas I acordó aprobar una ley de reforma administrativa para Transcaucasia, que entraría en vigor el 1 de enero de 1841. Como resultado, el Cáucaso meridional se dividió en una guberniya (provincia) georgiano-imereciana con sede en Tiflis (Tbilisi) y un oblast (región) del Caspio con centro en Shamakhi. Además, la guberniya georgiano-imereciana y el oblast del Caspio se dividieron en uyezds y okrugs. Esta “reforma” del Imperio zarista fue llamada “El establecimiento de la administración de la región transcaucásica”. Pretendía acabar con el sistema de comandancia estableciendo tribunales en las guberniyas (provincias, nueva división administrativa tras una ley de 1840) y tribunales de magistrados en los uyezds, okrugs, oblasts y en los centros de las guberniyas y poniendo la región bajo la administración civil imperial común. Además, se trazó la línea entre la guberniya georgiana-imereciana y la oblast del Caspio se trazó para situar a Yelizavetpol (Ganyá) y Najicheván dentro de la guberniya georgiana.
En diciembre de 1846 se introdujeron nuevos cambios y consolidaciones administrativas en el sistema jurídico administrativo del Imperio zarista. En diciembre de 1846 se trazaron nuevas fronteras administrativas en el Cáucaso Meridional y se formaron cuatro guberniyas, a saber: Tiflis, Kutaisi, Shamakhi y Darband. Según estas divisiones, la guberniya de Tiflis administraba Ganyá y Najicheván. En 1849 se creó una nueva guberniya de Iravan, que incluía Najicheván. En 1859, un terremoto destruyó la ciudad de Shamakhi. Por lo tanto, Bakú se convirtió en el nuevo centro de la guberniya, y su nombre cambió a guberniya de Bakú. Ninguna de estas nuevas divisiones administrativas del Cáucaso Sur tuvo en cuenta los precedentes históricos, la composición étnica o los deseos de los habitantes de la región.186 Durante este periodo, la mayor parte del norte de Azerbaiyán quedó bajo la jurisdicción del oblast del Caspio, que constaba de siete uyezd, a saber, Shirvan, Shusha (Karabaj), Shaki, Talish (Lankaran), Bakú, Darband y Guba.
Como ya se ha dicho, según las nuevas divisiones administrativas, el uyezd de Shusha se estableció en 1841 como una unidad administrativa separada dentro del Óblast del Caspio, que abarcaba todo el territorio que pertenecía al antiguo Kanato de Karabaj. La ciudad de Shusha era el centro del uyezd. El uyezd de Shusha también estaba dividido en las subregiones de Javanshir, Jabrayil y Zangazur. En 1846, el uyezd de Shusha pasó a formar parte de la guberniya de Shamakhi. Cuando la guberniya de Shamakhi se trasladó a Bakú tras el terremoto de 1859, el uyezd de Shusha pasó a formar parte de la guberniya de Bakú, y en 1868 se incorporó a la guberniya de Ganyá. Después de esto, se formaron cuatro uyezds en el territorio del uyezd de Shusha: Shusha, Zangazur (1874), Javanshir (1883) y Jabrayil (más tarde llamado Garyagin-1883), que abarcaban el territorio histórico de Karabaj.187 Esta división administrativa casi coincidía con los territorios históricos de Karabaj situados al sur del río Kura durante la era albanesa caucásica a principios de la Edad Media. Así, los uyezd de Shusha, Zangazur, Javanshir y Jabrayil que se crearon en el territorio histórico de Karabaj durante el Imperio zarista fueron sustituidos respectivamente por las regiones de Arsak, Sunik, Uti y Paytakaran de la Albania caucásica. Una de las cuestiones llamativas es la tendencia de los armenios principalmente al uyezd de Shusha. El uyezd de Shusha abarcaba una superficie de 4.900 km2 e incluía el actual territorio de Nagorno Karabaj. En 1886, los armenios representaban el 58% de la población del uyezd de Shusha como resultado de la política migratoria del Imperio zarista, cuando la cifra había sido inferior al 10% de toda la población de Karabaj a principios del siglo XIX 188.
