El gobierno de la Unión Soviética no esperaba el estallido del conflicto ya que no se suponía que la nueva política de “Glasnost” pudiera aumentar las tensiones entre los grupos étnicos. Todas las disputas interétnicas fueron ignoradas o hábilmente ocultadas durante la era soviética.334 Por lo tanto, al arrojar luz sobre el conflicto, el asesor del Politburó Vyacheslav Mikhailov admitió que se trataba de un asunto completamente nuevo para ellos. El gobierno de la Unión Soviética no lo dudó e inmediatamente se implicó en el proceso. Sin embargo, los métodos convencionales que se utilizaban para detener las manifestaciones de masas se consideraron obsoletos en el marco de las nuevas reformas soviéticas de la época. En consecuencia, el Politburó aconsejó al líder del partido azerbaiyano que utilizara la persuasión como método en lugar de la fuerza 335.
Las reclamaciones de Armenia sobre territorio azerbaiyano desafiaban directamente los intereses de la Unión Soviética. En su discurso sobre Nagorno-Karabaj, Mijaíl Gorbachov declaró que había diecinueve conflictos territoriales potenciales en la Unión Soviética, y que no quería sentar precedente haciendo concesiones en ninguno de ellos. Los dirigentes soviéticos eran conscientes de que el efecto dominó de Nagorno-Karabaj podía llegar a otras partes de la Unión, lo que en última instancia podría ser drástico para el conjunto del Estado. La primera iniciativa oficial de Moscú al respecto fue establecer un diálogo entre Bakú y Jankendi (Stepanakert). Por ello, se enviaron dos grandes delegaciones a la región.
Sin embargo, su visita no pudo evitar la escalada de las protestas armenias en Khankendi. Como consecuencia de esta escalada, los armenios perpetraron los primeros actos de violencia contra los azerbaiyanos.337 Más tarde, cuando las protestas se extendieron fuera de Nagorno-Karabaj, alrededor de un millón de personas se unieron a las manifestaciones de Ereván. Gorbachov recibió al delegado armenio para que se discutiera la cuestión. Sin embargo, se negó a aceptar las demandas armenias de unificación de Nagorno-Karabaj a Armenia. El 23 de marzo de 1988, el Presidium del Soviet Supremo de la Unión Soviética rechazó las demandas del Soviet de NKAO de unirse a Armenia. El 18 de julio, el Presidium volvió a reaccionar de forma similar y anuló la decisión del Soviet de la NKAO relativa a la unificación con Armenia, y reafirmó la integridad territorial de Azerbaiyán.338 Además, Moscú estableció oficialmente una comisión especial para supervisar cómo se desarrollaba la situación en Azerbaiyán y Armenia.339 El 12 de enero de 1989, para detener la escalada del conflicto, el Moscú oficial retiró a la NKAO del control de Azerbaiyán sin discutirlo con él e impuso una «administración gubernamental especial» que dependería de Moscú.340
Los armenios de Nagorno Karabaj aceptaron la decisión como un paso hacia la unificación con Armenia.341 Más tarde, quedó claro que Moscú era oficialmente incapaz de resolver el conflicto entre las comunidades. Por lo tanto, anuló la decisión de administración especial sobre la región y la devolvió a la jurisdicción de Azerbaiyán.342 Después de que el conflicto se intensificara de esta manera, especialmente durante la primavera y el verano de 1991, cuando los armenios atacaron los asentamientos azerbaiyanos, Moscú respondió a este proceso llevando a cabo operaciones militares y policiales por parte de fuerzas conjuntas soviéticas y azerbaiyanas.343 Sin embargo, en diciembre de 1991, cuando la Unión Soviética se derrumbó oficialmente, las tropas soviéticas se retiraron de la región antes de que se pudiera resolver el problema.344
La autoridad soviética fue incapaz de resolver la cuestión de Nagorno-Karabaj, y la política aplicada durante ese periodo por la autoridad soviética fue incluso una de las principales razones por las que el conflicto se agravó aún más. Además, la inadecuada reacción ante el conflicto por parte de los altos cargos de la Unión Soviética hizo que las tensiones entre las comunidades aumentaran y acabaran en un conflicto armado.
