Tras un largo asedio, el kanato de Ganyá fue ocupado por la Rusia zarista en enero de 1804, y Dzhavad Khan, el kan del kanato de Ganyá, y su hijo murieron heroicamente en combate. Tras la ocupación del Kanato de Ganyá, el general del ejército ruso Gulyakov fue enviado desde Jar-Balakán a Ganyá. En marzo de 1804, el zar Alejandro cambió el nombre de Ganyá por el de Yelizavetpol en honor a su esposa, Yelizaveta.160

El ataque militar del Imperio zarista contra Azerbaiyán afectó a sus relaciones con los imperios persa y otomano. El Imperio Otomano se vio obligado a guardar silencio debido a su acuerdo de 1798 con el Imperio zarista.161 El Imperio persa se enfrentó a la agresión zarista en el sur del Cáucaso. Aunque se había aliado con los gobernantes de ciertos kanatos azerbaiyanos, el Imperio persa seguía buscando un aliado nuevo y poderoso que le ayudara a hacer frente al Imperio zarista en la región. Al mismo tiempo, los imperios europeos, especialmente Gran Bretaña, estaban preocupados por la expansión hacia el sur del Imperio zarista, que consideraban una amenaza directa para sus intereses en Oriente Próximo. Así pues, los imperios europeos apoyaron a Irán en su guerra contra el Imperio zarista que estalló en junio de 1804.162

En aquel momento, el kanato de Karabaj, al igual que otros kanatos de Azerbaiyán, se enfrentaba a uno de los dilemas políticos y situaciones desafiantes más graves de su historia.

Ibrahimkhalil Khan, que intentaba comportarse de forma independiente, tuvo que elegir entre el Imperio zarista y el persa. Según Mirza Jamal Javanshir, visir del kanato de Karabaj en aquella época, tras la derrota del Imperio persa en la batalla cerca de la aldea de Tugh, Fath Ali Shah Qajar, shah del Imperio persa, ofreció a Ibrahimkhalil Khan crear una alianza contra el Imperio zarista 163 . Tras una larga discusión sobre la situación política existente, Ibrahimkhalil Khan decidió que la conquista del Imperio zarista era inevitable. Temía que el trágico suceso ocurrido durante la ocupación del kanato de Ganyá por el Imperio zarista se repitiera en el kanato de Karabaj. También le preocupaba la traición de los meliks cristianos del Kanato de Karabaj, incitados por los oficiales armenios del ejército zarista 164.

Cuando el Imperio zarista se preparaba para un ataque militar contra el kanato de Karabaj, Ibrahimkhalil Khan tomó su decisión y solicitó una reunión con el general Sisianov, comandante en jefe del ejército del Imperio zarista en el Cáucaso. Como resultado de esta reunión entre el general Sisianov e Ibrahimkhalil Khan, el 14 de mayo de 1805 se firmó el Tratado de Kurakchay, que constaba de 11 artículos, entre el Imperio zarista y el kanato de Karabaj.165 Como resultado de este tratado, el kanato de Karabaj perdió su independencia y quedó bajo la tutela del Imperio zarista. En virtud del Tratado, un grupo de 500 soldados del Imperio zarista bajo el mando del oficial Lisianovich fue estacionado en la ciudad de Shusha. Se les concedió el derecho a intervenir en todos los asuntos del Kanato de Karabaj. Mientras tanto, el gobierno del Imperio zarista otorgó a Ibrahimkhalil Khan el rango de teniente general y a sus hijos, Muhammad Hasan Agha y Mehdigulu Bey, el rango de oficial general del Imperio zarista.166